El monasterio fue fundado en 1502 por el matrimonio Enríquez-Luna, y construido de forma simultánea a su palacio contiguo, con la intención de utilizar la capilla mayor de la iglesia monacal como panteón familiar. Entre el palacio y la cabecera de la iglesia se levantaba un pasadizo elevado o algorfa que comunicaba ambas construcciones. El monasterio fue durante casi cuatro siglos un enorme centro de poder religioso, económico y social de toda la comarca hasta la costa almeriense.